O Programa de Doutoramento é organizado segundo um sistema de créditos. É composto por uma componente curricular, com um total de 60 ECTS, e uma componente de investigação de 120 ECTS (elaboração e defesa pública de uma tese original e especialmente elaborada para este fim).
O programa de doutoramento concretiza-se através da conclusão com aproveitamento de dez módulos obrigatórios: Bioética Geral; Filosofia e Bioética; Ética Profissional; Ética no Início da Vida; Ética no Fim da Vida e em Cuidados Paliativos; Ética em Prioridades da Saúde; Ambiente, Biodiversidade e Biopolítica; Biodireito; Seminários; Projectos Individuais.
O Programa de Doutoramento tem 180 ECTS, tem um tempo normal de duração de 6 semestres e completa-se com a apresentação e discussão da tese.